Инструкция Ч.1 Petros 3

Инструкция по работе с  программным комплексом Petros 3 

Часть 1. Подготовка анализов и ввод данных

Tomas G. Petrov, Sergey V. Moshkin

Abstract

Инструкция предназначена для ознакомления пользователя с начальными этапами работы с программой Petros3. Программа создана для реализации возможностей информационного языка-метода RHAT по качественно-количественному кодированию составов объектов любой природы с одновременным созданием баз данных. Метод позволяет выполнять два  взаимно дополняющих класса работ: 1) линейное алфавитное упорядочение информации о составах с целями иерархического периодического группирования и поиска аналогов составов, 2) диаграммное  ̶  на базе трёх информационных характеризаций и их связей с первичными данными  ̶  представление случайных и упорядоченных во времени или пространстве совокупностей составов для изучения, в частности, двух фундаментальных процессов изменения составов  ̶  смешения и разделения.

Рассчитываются, коэффициенты корреляции, расстояния, статистические данные. Обеспечен экспорт результатов в Word и Excel. Метод, обсуживает весь количественный диапазон любого анализа, а потому программа предъявляет повышенные требования к качеству исходных данных. По умолчанию предполагается работа с химическими составами в форматах оксидов и/или химических элементов. Загружены три алфавита: химический, фрагментированный минеральный и кристаллохимический группы турмалина.

Описание метода, программы (общее) и полученные результаты представлены на сайте ResearchGate.

На сайте автора метода https://tomaspetrov.ru представлены: метод, программа и иные, связанные прямо и косвенно с методом RHAT научные направления и результаты

Находящаяся на сайте программа Petros3 доступна для скачивания на безвозмездной основе.        

            Оглавление

1. Введение
2. Главное (рабочее) окно программы
3. Ввод ссылки на источник данных
4. Требования к массиву анализов
5. Формирование файла
6. Ввод файла

         

1. Введение

Метод обработки химических анализов горных пород, для которого создавалась программа, возник и описан 1971 году как реакция на информационный взрыв в геологии в 50-60-х годах. Название метода » RHA» аббревиатура названий составных компонентов метода: R- ранговая формула, H- информационная энтропия К.Шеннона, A  ̶ анэнтропия, предложенная Т.Г.Петровым  (Петров 1971). Позднейшее развитие метода привело к появлению еще одного параметра Т  ̶ толерантности (Петров 2007), отказу от использования символа «Н», совпадающего с символом водорода в химических анализах и замене его на «Е» (entropy). В полном названии метода исходные символы сохранились  ̶ RНAT, в обозначениях же используемой версии программы и в её приводящемся ниже описании «Н» и «Е» используются как синонимы.

Приводимые ниже рекомендации продиктованы как требованиями работы программы, так и опытом работы, который может быть не обязательно оптимален для другого пользователя. Существует учебное пособие по методу RHA, центральному для организации всей программы (но не работы с ней); Т.Г. Петров, О.И.Фарафонова Информационно-компонентный анализ . Метод RНA. СПб. Изд-во ЛГУ.2005. 168с.; общее описание программы: Т.Г. Петров, С.В. Мошкин, Метод RHA и его реализация в программном комплексе Petros-3. Вычисления в геологии. 2011, №1, С. 50-53;  Petrov T.G., Moshkin S. V. Method RHAT and its implementation in the software package PETROS-3 News of science and educations  2 (26) 2015 pp. 70-80

Основное внимание при создании программы было направлено на работу с объектами геологии со стороны химических и минеральных составов. Поэтому ниже приводимые примеры относятся к этим двум областям.

Поскольку структура программы определяет формат материала, подготавливаемого к вводу, поэтому начнём с обзора того, что ждёт пользователя, когда он её откроет.

1. Главное окно программы

Главное окно включает (сверху вниз): 1) строку меню, к ней мы будем обращаться по мере необходимости, 2) инструментальную панель, 3) рабочую область и 4) строку состояния (под рабочей областью).

Идем по номерам кнопок НИЖНЕЙ — инструментальной панели

Инструментальная панель содержит кнопки, обеспечивающие быстрый доступ к основным пунктам меню. В панель включены следующие кнопки (здесь они перенумерованы):

1 -Queries (клик)– запросы, по которым будут производиться подавляющее большинство действий с файлами. При нажатии спадает окно, содержащее перечень файлов, к которым ранее были обращения. Упорядочение файлов в формате txt

2 -Data Sets – окно-список файлов, имеющихся в базе; здесь же справки об источнике данных, количестве анализов в файле и принятом для файла стандарте длины ранговой формулы (n), номере алфавита: «0» — химический . Упорядочение файлов — числовое. Здесь выделенный файл можно удалить «‒». Внизу справа кнопка отправить сигнал на кнопку 1 – Queries – для начала работы с файлом.

3 — создание «списков» анализов, составляемых из отдельных анализов, уже имеющихся в Базе данных (см. ниже).

4 – Библиография. Источнику данных присваивается номер по мере поступления (или иначе) книг, статей, WEB. Под одним библиографическим номером могут быть и один анализ и много файлов с сотнями анализов. НО! Нужно иметь в виду, что анализы из одного файла на диаграмме НА будут иметь одинаковые значки. Поэтому, формируя файл, надо подумать о его использовании в работе – он особая группа. Если библиографического описания нет – писать что-то вроде: «ССА» =«Сер собств ан» = серия собственных анализов.

5 – Ввод данных с их набором внутри программы. Сейчас используется редко, — утомителен, обычны ошибки.

6 – Ввод таблицы данных, подготовленной вне программы. Данные для расчетов формируются в Excel с описаниями, начала которых регламентируются для обеспечения нормальной работы программы. Сформированная таблица по шагам, диктуемым программой, вводится с автоматической проверкой. Ниже приводится отдельная серия скринов.

7 – Редактирование уже введенных данных. Возможно изменение: названия объекта, таблицы, количества компонентов при расчёте (при стандартизации), исправление ошибки в числе, тексте описания, удаление анализа из таблицы исходных данных (Внимание!- ) с сохранением номеров остающихся анализов в исходной таблице, что важно при выдаче анализов на диаграммы (Такая опция отсутствует в программе Excel при построении диаграмм)

8 – При выделенном файле в п..1 – выдача исходных данных

9-15 –Варианты представления анализов (с/без Н2О, приведение к 100% и пр.)

16 – «Любимая» диаграмма, открывающаяся по умолчанию –. Её заранее выбирают по кнопке 20.

17 – Диаграмма XY – оси выбираются по встроенной Периодической системе элементов, или по заранее введенным коэффициентам.

18 – Диаграмма треугольная XYZ – оси выбираются, или назначаются как композиции элементов и цифр. Есть возможность регулировать величину поля – при XYZ 0-100% (Standard) и по величине поля, занятого данными (Auto).

19 – Построение спайдер-диаграмм – относительных анализов. Выбирается эталонный анализ, на который делятся анализы файла.

20 – Перечень стандартных диаграмм, из которых можно выбирать «любимую». Возможно пополнение списка.

21 – Среднее, min, Мах – по данным помеченного файла

22 – Статистические данные о материале файла

23 – Коэффициенты корреляции (КК) с указанием количества компонентов, учитываемых в коррелируемых парах элементов, и средних модулей КК для элементов

24 – Расстояния, расхождения («расстояние» — общее название с «расхождениями», в которых не сохраняется неравенство треугольника) вызываются через кнопку 24. есть два варианта: 1) расстояния от выбранной точки в порядке анализов в файле и 2) таблица расстояний всех от всех.

25 – Стандартные петрологические коэффициенты

26 – Нормативные петрологические пересчеты.

27 – Классификация (не использовалась)

28 – Таблица R_nEnAnTnR_NEAT (сокращённо RHA). Где: R_n— ранговая формула до n-ного ранга;  En — энтропия, стандартизованная при детальности n; An — анэнтропия, стандартизованная при детальности n; Tn — толерантность, стандартизованная при детальности n; R_N — «хвост» ранговой формулы до N; E — энтропия полного анализа; A — анэнтропия полного анализа; T — толерантность полного анализа. Строки выдаются по умолчанию в «алфавитном порядке»- согласно алфавиту — Периодической системе элементов. При одинаковости R_n упорядочивание производится по невозрастанию En. При одинаковости En упорядочивание производится по неубыванию An, тоже для Tn. Для переупорядочения в исходный (авторский) порядок путь: Action-Order by source num+analysis num

29. – Выход т из программы

Идём по номерам ВЕРХНИХ заголовков раскрывающихся списков

Некоторые заголовки раскрывающихся списков изменяются при конкретных действиях, т.е. за заголовком могут появляться другие заголовки.

• Project Exit выход.

После окончания работы по понедельникам спадает сообщение о создании очередной копии базы данных. В компьютере есть функция, позволяющая вернуть компьютер на некоторое время назад. Будет восстановлен и Petros 3.2

• View – виды представления данных – работает после выделения файла в 1и 2 (нижние номера.
• Results – перечень тех же кнопок
• Data – дублирует ряд кнопок
• Window – управление расположением материалов на рабочем столе
• Option – ВАЖНО! Управление работой программы – использовать до начала ввода файла!. В открывшемся окне второе Options – крайняя правая кнопка RHA Здесь задание n детальности при расчетах – длины стандартной ранговой формулы, алфавиты, элементы на которые делаются поправки в силикатных анализах при раздельном анализировании.
• Double сlick add to list – Используется при составлении списков по кнопке 3 при добавлении нового анализа в список
• About – Сведения о программе    

Поскольку пополнение базы данных должно сопровождаться вводом данных об источнике информации, который фиксируется в библиографической Базе, освоение программы начнём с работы этого типа.

2. Ввод ссылки на источник данных 

Каждый файл должен иметь адрес возникновения — источника данных. Эта информация вводится в Библиографическую Базу

• Вызов окна Библиографической базы (ББ) : 4-я иконка меню слева

По клику кнопки    откроется следующее окно

• В открывшемся окне внизу находится шаблон записи. Вводим библиографические данные:

Number — Номер источника даётся в порядке поступления материалов в базу или как-то иначе.

Ф.И. О. автора(ов) или редактора ( «Ред.») (не более 80 символов)

Title — Название (не более 255 символов.) :

Bibliogr. data — Издание — источник (не более 80 символов..). Желательно указывать дату записи.

Если автор Вы, тогда: Ваша фамилия И.О. Название файла. ССА (серия собственных анализов). Полезно обозначение проекта, к которому относится файл.

• При необходимости вызвать по номеру уже внесенный источник см. поле вверху – “Search by number” вводим номер. При необходимости редактируем текст.

Другие действия по поиску источника в Библиографической базе выполняются через «Запрос» = “Query”

3. Требования к массиву анализов

Качество подготовки данных – одно из основных условий успешной работы с программой. В связи с интегральностью получаемых характеризаций (количественных характеристик) составов, к исходным данным предъявляются повышенные требования, что является особенностью метода и, соответственно, подготовки материала для работы с программой.

Требования к именам компонентов и использующиеся варианты

Символ алфавита должен отвечать конкретному компоненту.

Поэтому компонентами должны быть или дискретными или результатом дискретизации (Верхние границы интервалов возрастов, длин волн, площадей…).

В качестве символов компонентов в химических анализах используются символы химических элементов (H, Si, Se…), оксидов (SiO2, H2O, Fe2O3…) и некоторых распространённых, простых по составу, соединений. Они приведены в таблицах – путь: Options-Options-Input Options.

Использование иных знаков, включая, ppm, %, LOI, TR, «+», «-» и прочие – запрещено

Валентные состояния программа различает только для железа, концентрации для остальных элементов рассчитываются как суммарные. Чтобы при вводе данных программа правильно определяла валентность железа в химических соединениях, необходимо указать формулы этих соединений в списках на вкладке «Опции ввода» в диалоге настройки программы. Каждый компонент анализа может содержать железо только в одной из степеней окисления (исключением является Fe3O4, который программа интерпретирует правильно).

Алфавит химических элементов, учтённых в программе (по умолчанию) – Периодическая Система Элементов приведён в разделе по пути: Option-Option-Alphabet №0

В минеральных составах используются аббревиатуры названий минералов с стандартизированной длиной – 4 (Dolm, Albt, Turm…), или, по желанию, пользователь сам вводит алфавит по Кретцу с отбором 100 важнейших минералов для изучаемой группы пород.

В кристаллохимических составах в качестве символов компонентов (в качестве примера алфавита введена символика для турмалина) используются сочетания символа позиции в структуре и элемента, встречающегося в ней. (Для других минералов требуется

Число компонентов в анализе не должно превышать 50. При этом речь идет именно о количестве компонентов в анализе. Число химических элементов в использующемся алфавите – 92, равное числу встречающихся в природе элементов.

При подготовке исходной таблицы для сканирования необходимо обращать внимание на точность обозначения одинаковых по начертанию букв в латинице и кириллице (С, О, К, Cа…), особенно – на сходство знака элемента кислорода «O» и цифры «0», а также на суммы анализов.

В обозначениях компонентов использование цифр недопустимо. Исключение – единственное – Масс% оксидов.

Совпадение символов в разных алфавитах допустимо.

Требования к мерам содержаний

Меры содержаний в пределах файла должны быть одинаковыми. В одном анализе недопустимо использование, например, весовых и молекулярных долей. В химических анализах допустимо совместное использование Mass% и ppm. Программа преобразует исходные данные весовых единиц оксидов в одинаковые, а именно в атомные содержания согласно условию: ∑pi=1. Именно такая форма представления химических составов обеспечивает универсальность метода по учёту любых химических компонентов, то есть отсутствие препятствий для сопоставления составов любых веществ, составов биообъектов, материалов, и их смесей в одной таблице, или на одной диаграмме. Более того. Составы, приведённые в такой форме сопоставимы с любыми иными составами как статистическими распределениями, нормированными к 1 или 100%..

Требования к содержимому цифровых данных  исходной таблицы

ВНИМАНИЕ!  Десятичный разделитель — точка.

В ячейках таблицы допустимы только цифры.

Требования к полноте анализов

В анализе должны быть все компоненты, содержание которых превышают содержания наименьшего компонента из числа важнейших n. В геологии особое внимание следует обращать на летучие компоненты. Как показано в «R- словаре-каталоге…»[1] они входят в более чем половину всех известных минералов. Имея в виду и значимость «летучих» в вулканологии, в процессах метасоматоза и гидротермального переноса рудных компонентов, в процессах выветривания, традиционное игнорирование этих компонентов следует считать свидетельством затянувшегося отставания в понимании значимости воды в геологии.

ИМЕТЬ В ВИДУ: Низкие суммы анализов (явление весьма обычное в минералогии и петрографии) ‒ проявление неполноты данных с возможными пропусками элементов, имеющих содержания большие, чем минимальные в имеющемся перечне анализа. В таких случаях расчёты интегральных характеризаций дают искажённые результаты.

При отсутствии необходимого алфавита, или при наличии компонентов с длиной символов, выходящих за пределы 9 знаков, для единичных расчётов можно пользоваться химическим алфавитом, заменяя его знаки на необходимые при подготовке материалов к расчётам.

Требования к описанию анализа объекта

Описание анализа делается по стандарту, который обеспечивает возможности линейного упорядочения поступающих материалов, согласно номерам в Библиографической Базе Данных (иконка 4 — Bibliogrphy), а также поиски в Базе аналитических данных (Data sets) и Базе запросов  Quories  (путь: иконка меню №1 – Add – RHA).

В тексте «Описания» (Description или Descr). объекта обязательный порядок следующий: «номер анализа в таблице», например, «10»_ номер библиографической ссылки, например,  «960» значок «т» (сокращение слова таблица) или «р» (сокращение слова page) и номер таблицы или страницы_»название объекта» (если есть) или «б/н» (если названия нет). Пример описания того же анализа: «10_960-т21_коматиит».

Далее подробности ‒ по потребности. Имя объекта с необходимыми свойствами приводится строчными буквами, заглавные используются только для имён собственных.

Предельная длина описания объекта 255 символов

Сокращения названий объектов, массивов и др. необходимо минимизировать (иначе при поиске аналогов по отдельным признакам будет высокий уровень шумов).

4. Формирование файла

Таблица формируется в Excel.

Первая строка: Описание. «Description или Descr».Описания к массиву формируются в серии колонок как показано на скрине, после чего производится их сцепление в одну[2], —

Далее в первой строке размещается перечень символов компонентов. Порядок компонентов произволен – он не зависит от принятого алфавита. Алфавит используется для контроля за правильностью обозначений вводимых компонентов и для алфавитного упорядочения массивов строк, получаемых при работе программы.

4) Установка стандартизации детальности n

Перед вводом необходимо проверить установку стандартной детальности — длины учитываемой части ранговой формулы для расчётов характеризаций HАТ, или произвести её. Путь: Option-Option-Program options- RHA-method- окошко слева внизу.

Далее, таблицу необходимо выделить, не допуская захвата лишних строк и колонок.

Таблица готова к вводу. Страницу можно свернуть (скрыть)

5. Ввод файла

Находим “Import”   (кнопка  6). Клик.

Имеем:

Для ввода готовой таблицы клик ОК, чем включатся МАСТЕР ввода данных как серия окон, фиксирующих  последовательность шагов, обеспечивающих контроль за качеством  исходных материалов и получение искомого результата.

Для продолжения : “Next”.

Имеем

ВНИМАНИЕ! При использовании нехимического алфавита нужно в окне Alphabet number поставить соответствующий номер.   Серёжа! ГДЕ ОНИ ФИКСИРУЮТСЯ И ВИДНЫ. Для продолжения “Next”

Получаем:

Ошибки, обнаруженные в первой строке таблицы, выдаются в ЛЕВОМ поле (пустая колонка-строка… если пусто, ошибки на найдено). Обычны ошибки в символике компонентов. Для исправления вернуться — клик «Back» — в Excel. Перед возвращением в Petros не забыть выделить таблицу!

Для продолжения “Next”

Имеем:

Если все поля пусты – ошибок на ЭТОМ этапе контроля не выявлено. Для продолжения “Next”

Получаем:

Птичкой (по умолчанию) помечаются элементы, вводимые в виде ppm (миллионные доли), наряду с оксидами. Не допускать появления птичек перед символами элементов, содержание которых выражено в %%. Поскольку в примере введены только процентные величины, птички отсутствуют.

ВНИМАНИЕ!  Если приведён заведомо не нормированный анализ, (например, весь в ppm) против всех символов элементов ставятся птички — (Tick all)

Для контроля цифровой информации клик “Validate”.

В СЛУЧАЕ погрешности в записи числа в спадающем окне появится сигнал Error..

В этом окне на фоне синей заливки в Error видна вторая десятичная точка. ЗДЕСЬ удалите её ‒ произойдёт удаление и в исходных данных. Проверка закончится.

Получаем сообщение в следующем виде:

Нажатием Next выходим на финишную прямую: остаётся связать вводимый материал с Библиографической и с Аналитической базами Данных

Для продолжения “Next”

Имеем: импорт данных из Excel

В нижнем окошке «Number» по умолчанию появляется номер последнего в база файла (здесь «2500».  Номер библиографической ссылки нового файла вводится в верхнее окно «Number».  Под ним повторится номер и текст библиографии введённого первоисточника «1042». Этим организуется связь вводимого материала с введённой библиографической ссылкой.

В строке «Data set name» печатается номер источника с номером таблицы и краткое описание содержимого таблицы.

Если есть дополнения к описанию файла – соображения, акценты, комментарии, дата ввода… текст вводится в следующую строку: Data set descripnion.

Производят общую проверку правильности введённой информации.

ВНИМАНИЕ ! Справа — не забывать проверить Data set tipe . Если исходные данные даны в Аt%, или коэффициентах химических формул, или их содержания измеряются количествами обнаружений — «штуками», то нажимается радиокнопка[3] — Mol %.

В таком виде Step 6 импорт произойдёт правильно

Клик “Finish”.

Идет расчет.

Получаем результат:

ID — индивидуальный номер в БД, приписываемый анализу при вводе. Здесь первое число ‒ номер введённого файла, второй ‒ номер анализа в файле. Эти номера сохраняются при редактировании и удалении анализов (!).

Для фиксации результата в формирующейся базе данных Клик ОК.

ДО «ОК» никаких иных действий не производить!

Происходит выход на рабочее поле, свободное, если на нём не оставалось что-то от предыдущих действий.

Поздравления! Материал введён!

Он загружен в базу данных и готов к разностороннему использованию.

Для освоения ввода материала, рекомендуется эту процедуру сделать подряд несколько раз. Она представляется излишне сложной только на первый взгляд.

ПРИМЕЧАНИЕ:

Метод наилучшим образом проявляет свои положительные качества при наличии больших массивов данных, так как ЭТО:

1) делает более объективной оценку новизны и особенностей вашего материала,

2) позволяет устанавливать сходство-различия материалов из разных источников данных, месторождений…

3) делает более осознанным выбор при формировании таблиц анализов для публикаций,

4)  позволяет делать более обоснованные выводы,

5) расширяет кругозор и

6) будит воображение.

[1] Петров Т.Г., Краснова Н.И. R-cловарь-каталог химических составов минералов. СПб, «Наука», 2010, 150 с. Грант РФФИ № 09 – 05 – 07070д

[2] Сцепка частей описания в разных колонках в одну производится в Excel по кнопке «Формулы» — «Вставить функцию»-«Сцепить» ОК. Открытие окна «Аргументы функции», выделение первой ячейки в первой колонке элементов описания, перенос курсора на вторую строчку- выделение первой ячейки во второй колонке элементов описания, так далее… ОК. В Excel протащить первую строку до конца колонки. «Копировать»- вызов: «специальная вставка». В открывшемся окне клик «Значения» ,ОК.

[3] Радиокнопка нажата: